La prima menzione di Saint-Oyen è molto antica: risale addirittura al 1137, quando il conte di Savoia, Amedeo III, donò alla prepositura del Gran San Bernardo tutte le terre del cosiddetto castellum verdunense o Château Verdun, terre situate nel territorio di Saint-Oyen, che a quel tempo era ancora dipendente dalla parrocchia di Etroubles. Questo edificio (Château Verdun) era chiamato anche, a causa delle sue funzioni di dépendance e di fattoria dell'Ospizio del Gran San Bernardo, la maison de Mont-Joux de Saint-Oyen o la ferme de Château Verdun; diventò poi, col tempo, anch'esso un ospizio per i viandanti lungo la strada per il Colle. La ferme fu arricchita negli anni successivi di nuovi terreni acquistati per esempio a Chavannes di Etroubles nel 1218, a Ruvillasc tra Etroubles e Saint-Oyen nel 1221, a Citrin nel 1222 e nel 1232, di due prati a Flassin nel 1239 (dai Signori d'Avise) e nel 1250. Tutti questi terreni furono oggetto di controversia con i signori confinanti, tra cui ricordiamo in particolare quella per il possesso dell'alpeggio di Citrin, nel XIII secolo, che fu lunga e assai complessa, condotta contro i vicini signori di Etroubles, di Bosses e di Avise.Il territorio di questo minuscolo paese fu gestito direttamente dali Savoia, così come quelli vicini di Etroubles e di Saint-Rhémy almeno fino alla fine del XVI secolo. La baronia fu poi trasmessa alla figlia Filiberta che andò sposa al marchese Adalberto Pallavicini il cui figlio Carlo Emanuele l'ebbe a sua volta in eredità. Costui infine la tramandò, nel XIX secolo, fino al conte Ernesto di Sambuy.